A UFSC é a única universidade brasileira que oferece o Curso de Engenharia de Aqüicultura. Ele forma profissionais no cultivo de moluscos, peixes, crustáceos e plantas aquáticas. Oferece amplo conhecimento de biologia, sistemas e tecnologias de cultivo dos organismos aquáticos, engenharia, economia e administração.

O Engenheiro de Aqüicultura pode se dedicar diretamente às fazendas de cultivo, a empresas de consultorias e projetos, a órgãos públicos e a institutos de pesquisa e extensão.

O curso tem a duração de nove semestres e é dividido em cinco grandes áreas. Na primeira, chamada de Bloco Comum – que dura as primeiras duas fases -, o estudante tem aulas de Física, Química e Matemática. A partir do terceiro semestre também passa a ter disciplinas das áreas Sócio-Econômica, de Meio-Ambiente, de Aqüicultura e de Engenharia.

Na área Sócio-Econômica, o estudante tem aulas de Sociologia e Legislação em Aqüicultura, Administração, Planejamento, Economia, Elaboração de Projetos, entre outras.

Nas disciplinas relacionadas ao Meio-Ambiente, o aluno estuda ecossistemas, ecologia aquática e desenvolvimento sustentável.

O bloco específico sobre Aqüicultura tem 32 disciplinas que abordam diferentes aspectos do cultivo de peixes, camarões, moluscos e plantas aquáticas.

E, na área relacionada às Engenharias são oferecidas disciplinas como Desenho Técnico Rural, Geologia, Topografia, Mecanização Aplicada à Aqüicultura, Tecnologia Pós-Despesca, Sensoriamento Remoto e Geoprocessamento.

As aulas são ministradas no Centro de Ciências Agrárias e nos laboratórios do Centro de Maricultura, na Barra da Lagoa. Também fazem parte do currículo viagens de estudo a diferentes empreendimentos de aqüicultura de Santa Catarina ou outros estados. Além disso, na quinta e na nona fase, todos os alunos passam por um estágio em empresas com supervisão de profissionais.