O ensino de Farmácia em Santa Catarina remonta ao ano de 1917, a partir da criação do Instituto Politécnico, constituído pelos cursos de odontologia, farmácia, comércio, agrimensura e pilotagem. Durante a vigência do Instituto, 1919 a 1934, formaram-se 95 farmacêuticos. O curso de Farmácia somente voltou a ser implantado com a criação da Faculdade de Farmácia e Odontologia de Santa Catarina, no ano de 1946. Surgindo como unidade distinta, somente em 1960, com a criação da Universidade de Santa Catarina, recebendo o nome de Faculdade de Farmácia da Universidade de Santa Catarina. Segundo o parecer 1300/01 do Conselho Nacional de Educação (CNE) e Câmara de Superior de Educação (CSE), o perfil do formando em Farmácia deve ter as seguintes características: formação generalista, humanista, crítica e reflexiva, para atuar em todos os níveis de atenção à saúde, com base no rigor científico e intelectual. Também deve estar capacitado ao exercício de atividades referentes aos fármacos e aos medicamentos, às análises clínicas e toxicológicas e ao controle, produção e análise de alimentos, pautado em princípios éticos e na compreensão da realidade social, cultural e econômica do seu meio, dirigindo sua atuação para a transformação da realidade em benefício da sociedade.

O curso de Bacharelado em Farmácia da UFSC tem um projeto pedagógico centrado no aluno como sujeito da aprendizagem e apoiado no professor como facilitador e mediador do processo ensino-aprendizagem, visando buscar a formação integral e adequada do estudante através de uma articulação entre o ensino, a pesquisa e a extensão/assistência. A formação do Farmacêutico egresso da UFSC deverá contemplar as necessidades sociais da saúde, a atenção integral da saúde no sistema regionalizado e hierarquizado de referência e contra-referência e o trabalho em equipe, com ênfase no Sistema Único de Saúde (SUS). São oferecidas 130 vagas anuais para o curso de Bacharelado em Farmácia para a UFSC, com 65 (sessenta e cinco) vagas para o primeiro semestre (ingresso em março) e 65 (sessenta e cinco) vagas para o segundo semestre (ingresso em agosto), em turno integral (matutino e vespertino).